Yu Nagayama werd in 1974 geboren te Ito-city, Japan. Zij studeerde orgel bij Masaaki Suzuki en Naoko Imai aan de Tokyo National University of Fine Arts and Music, waar zij in 1997 haar 'Bachelor Degree' gehaalde.
Zij vervolgde haar studie in Nederland bij Bernard Winsemius aan het
Conservatorium van Rotterdam. Hier legde zij met gunstig gevolg het examen Eerste fase en Tweede fase af.
Yu Nagayama geeft regelmatig concerten in Nederland en daar buiten.
In 2002 verscheen haar eerste CD, opgenomen op het kleine orgel in De Oude Kerk te Amsterdam met werken van J.S. Bach.
Sinds oktober 2003 is zij werkzaam bij de firma Flentrop Orgelbouw te Zaandam.